Neben dem Tourismus wird die Wirtschaft im Raum Rostock Warnemünde, bedingt durch die geografische Lage, im industriellen sowie intellektuellen Bereich von der Meeresregion Ostsee geprägt.
Die maritime Industrie ist der größte Arbeitgeber der Region. Große und kleine Unternehmen bilden den Kern für technologische Innovationen und die Etablierung neuer Produkte für die Branche.
Die Warnowwerft wurde nach Kriegsende auf dem ehemaligen Gelände der Arado Flugzeugwerke gegründet. Heute zählt sie zu den modernsten Werften Europas. Innovative Schiffbaukonzepte wurden und werden hier entwickelt und umgesetzt.
Die Produktpalette umfasst Containerschiffe, wie den Eigenentwicklungen der Serie Aker CS und BALTIC, und Spezialschiffe, wie moderne Fährschiffe, für verschiedenste Kundenkreise.
Nach 1990 übernahm der Bremer Vulkan-Verbund die Werft. Mit der Insolvenz des Vulkan-Verbunds erwarb der Kwaerner-Konzern einen Teil der Werft und verkaufte nach wenigen Jahren an Aker,.der im
September 2008 an einen russischen Investor verkaufte. Danach firmierte sie unter den Namen Warnow Wadan Yard. Infolge der Turbulenzen auf dem Weltmarkt übernahm im September 2009 ein neuer russischer Investor unter den neuen Namen "Nordic-Werft" das Schiffbauunternehmen. Nach weiteren Eigentümerwechsel befindet sich ab 2023 dort das Marinearsenal.
Dieser Schiffsmotorenhersteller ist in Warnemünde neben der Warnowwerft zu finden. Die Firma hat sich bis heute mit der Montage der größten Caterpillar-Dieselmotorenbaureihe zu einem der bedeutendsten Schiffbauzulieferer entwickelt. Die Caterpillar Motoren Rostock GmbH entstand Ende 1999 aus dem ehemaligen Dieselmotorenwerk Rostock (DMR). Auf dem rechten oberen Bild der 1000 t Kran zum Verladen der Großmotore. Caterpillar hat sich nach 2020 von diesem Standort zurückgezogen.
Im 3D-Simulationszentrum erlernen angehende Seeoffiziere Fähigkeiten und Fertigkeiten zur Navigation großer und kleiner Schiffe.
Zahlreiche Fischer landen mit ihren Kuttern vornehmlich Hering und Dorsch an.
Die Kreuzschifffahrt in Warnemünde erfährt 2009 bereits die 20. Saison. Am 1.Mai wurde die Saison von der „Norwegian Jewel“ eröffnet. In diesem Jahr werden 114 Anläufe von 29 Schiffen,darunter mehrere Doppel- und Dreifachanläufe, erwartet. Erstmalig wird die "Emerald Princess", in diesem Jahr der größte Liner, 4 mal Warnemünde anlaufen. ( Länge 290 m, Breite 36 m, 112 890 t, 3080 Gäste)
Während der Saison 2008 waren 117 Anläufe von Kreuzfahrtschiffen in Warnemünde zu verzeichnen. Dabei war die „Norwegian Jewel“ mit einer Länge von 294 m, Breite 33 m 92 000 t und max. 2376 Gästen der größte Liner.
Das Institut wurde 1992 neu gegründet und befindet sich in Warnemünde in der Seestraße. Das Institut befasst sich mit der Meeresforschung in Küsten- und Randmeeren. Das Hauptgebiet liegt in der Erforschung des ökosystems der Ostsee.
Vor 1990 war das Institut für Meereskunde Warnemünde an dieser Stelle tätig.
Die Neptun Werft blickt auf eine 150 jährige Tradition zurück. Sie ist heute mit dem Bau von exklusiven Flusskreuzfahrtschiffen erfolgreich. Die Werft ist seit 1998 in Warnemünde in der Weftallee neben der Warnowwerft und Caterpillar angesiedelt.
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